خمینی به نیروهایش هشدار میداد که مبادا زندانیان مجاهد خلق از دستتان دربرود. او سفارش به اعدام بیشتر میکرد. در دهه سیاه ۶۰، دادگاه هایی توسط نیروهای خمینی تشکیل شد که هیچ شباهتی به دادگاه نداشت. متهم از هیچ حقی برخوردار نبود. آن دادگاه ها برای این تشکیل میشد که رعب در جامعه منتشر شود. عریان ترین چهره ولایت فقیه در همین دوران به نمایش درآمد.
جمهوری اسلامی دهه ۶۰ را تبدیل به محکمهی آزادیخواهان کرد و آنها را بر دار کشید. اما سرهایی که بر دار شدند تمامی تاریخ را به محکمهی ولایت فقیه تبدیل کردند.